Malagón goza de una excepcional riqueza cultural material que se remonta a 300.000 años de antigüedad. Así ha quedado atestiguado en las excavaciones arqueológicas de El Sotillo, en las inmediaciones de la aldea epónima. La riqueza del registro arqueológico de este yacimiento, junto a su extraordinaria conservación, lo han convertido en un referente para el estudio de la evolución humana.
Durante la prehistoria reciente, el término de Malagón continúa siendo ocupado por distintos grupos humanos durante las edades del cobre y bronce, tanto en sus fértiles valles como en las crestas y mesetas rocosas en altura. Existe manifestaciones de arte rupestre esquemático diseminadas en varios lugares del término municipal.
En la Protohistoria y Antigüedad, Malagón sigue siendo un lugar predominante en el control del territorio. Íberos y romanos se establecen en el centro de Malagón en el antiguo castillo medieval, hoy lamentablemente desaparecido, junto a los yacimientos prehistóricos y antiguos sobre el promontorio donde se asentaba.
De la presencia de los visigodos en Hispania, en Malagón encontramos vestigios en el Cristo del Espíritu Santo, donde se documentaron 76 sepulturas y restos de una basílica y otras construcciones.
Con la llegada y establecimiento de los musulmanes, a partir del siglo VIII, y durante la Reconquista, se comienza a gestar el núcleo urbano de Malagón, en torno a su castillo; configurándose este enclave como un importante cruce de caminos entre Toledo y Andalucía.
Posteriormente, la Orden de Calatrava funda la Encomienda de Malagón, que tuvo por núcleo originario el propio castillo al que hemos hecho mención, donado por Alfonso VIII en el año 1180 a dicha orden. Esta adquirió la otra mitad de la fortaleza en el año 1188. La Encomienda de Malagón albergaría con el tiempo un vasto territorio de 39.528 Has, que contó con los mejores pastos del Campo de Calatrava.
La encomienda sería desmembrada de la Orden de Calatrava el 17 de noviembre de 1547, pasando a territorio de realengo por un corto espacio de tiempo hasta que fue vendida por el Príncipe Felipe, en nombre de Carlos V, el 14 de enero de 1548 a D. Antonio Ares Pardo, Mariscal de Castilla.
Se convierte así la Encomienda de Malagón con todos sus términos, derechos y obligaciones en Señorío, cuyos titulares serían D. Antonio Ares Pardo y su esposa Doña Luisa de La Cerda, quienes tomaron también posesión de los lugares de Porzuna y otros anexos como Fuente el Fresno y Fernán Caballero.
El empeño de Doña Luisa de la Cerda, I Señora de Malagón, de que Santa Teresa de Jesús fundara un convento carmelitano en la Villa de Malagón se materializó tras la muerte de su esposo , el Mariscal de Castilla. Un primer monasterio provisional, fue fundado en 1568 en unas casas en la plaza del pueblo. En 1579, la comunidad se traslada a un nuevo monasterio levantado de nueva planta por Nicolás de Vergara, Maestro Mayor de obras de la Catedral de Toledo y del Hospital de Tavera de la misma ciudad. Esta fundación de Malagón, es la III de Santa Teresa, es excepcional, al tratarse de la única que se construyó ex novo. Sirvió de modelo a la arquitectura carmelitana posterior en todo el mundo.
El primer Señor de Malagón incluyó este señorío en el mayorazgo que fundó el 9 de enero de 1561. Arias Pardo falleció en la ciudad de Toledo el 13 de enero de 1561, sucediendole en el mayorazgo su primogénito, Juan Pardo de Tavera. De esta manera recayeron los “Estados de Malagón” en Dña. Guiomar Pardo Tavera, hermana del último titular. Pasados tres años, Guiomar contrajo matrimonio con Juan de Zúñiga Requesén. Este falleció al poco tiempo, y en 1578 contrajo de nuevo matrimonio con Juan Enríquez de Guzmán.
Felipe III elevó el Señorío de Malagón a rango de Marquesado, al conceder conjuntamente al matrimonio el título de Marqueses de Malagón (16 de febrero de 1599). En 1622, el Marquesado de Malagón quedó vacante y después de muchos pleitos vino a recaer, junto a sus señoríos anexos de Fernán Caballero y Paracuellos de Jarama, en el II Conde de Villalonso, Diego Ulloa Sarmiento III, descendiente de una tía de la última titular llamada también Guiomar Pardo.
Así, en el primer cuarto del siglo XVIII, los dominios de la Casa de Malagón, cayeron en Casa de Santisteban del Puerto. Con Joaquina María de Benavides y Pacheco, IX Marquesa de Malagón, pasó a la Casa de Medinaceli. Al estar casada la Marquesa con D. Luis María Fernández de Córdoba IV y XIII Duque de Medinaceli, la extensión superficial del Marquesado alcanzó los 891,95 km2, sin contar los dominios de Fernán Caballero y Paracuellos del Jarama.
En el siglo XIX, la historia de Malagón viene marcada por las dificultades del mundo agrario de su entorno. El comienzo de este siglo supone la incorporación del Marquesado de Malagón a la Casa de Medinaceli. Durante este siglo, Malagón no estará al margen de los acontecimientos nacionales: participará en la guerra de la Independencia y en las Guerras Carlistas.
Las tres cuartas partes del siglo serán de estancamiento económico, con periodos de crisis. Así, a mediados del siglo XIX, Malagón sigue siendo un pueblo principalmente rural, con una agricultura de secano en la que predominaban los cereales, la ganadería y la caza. La industria era inexistente, tan solo se elaboraba aceite y vino. A todo ello había que sumarle el hecho de que la apertura del paso de Despeñaperros, en el siglo XVIII, había restado tráfico de viajeros y mercancías al antiguo Camino Real de la Plata.
El inicio del Nuevo Régimen está protagonizado por diferentes cambios y sucesos. Entre ellos están las desamortizaciones, la de 1855, qué a diferencia del resto de la provincia de Ciudad Real, no afectó tanto a Malagón, y tan solo fueron desamortizadas 263 hectáreas al Convento de San José y otras pequeñas heredades del Convento de los Frailes Alcantarinos.
El último cuarto del siglo XIX supuso el renacer de Malagón. La llegada del ferrocarril fue el factor fundamental de esta recuperación. Malagón contará con una vía rápida para sus productos agrícolas e industriales.
Durante el siglo XIX, Malagón creció desde el punto de vista demográfico, así su población pasó de 2.740 habitantes en 1787 a 5.012 en 1900.
Ya en el siglo XX, con el ferrocarril llegaron las primeras pequeñas industrias.
La Segunda República fue un periodo de gran inestabilidad política y económica que puso fin al progreso económico iniciado en el último cuarto del siglo XIX.
Durante la Guerra Civil, Malagón quedó dentro de la zona republicana, así durante la guerra se agudizó la crisis económica, política y social de Malagón.
Con el fin de la guerra y durante la dictadura de Franco, los años 40 van a suponer un período de penuria económica. La recuperación de la actividad agraria y el “estraperlo” fueron las principales fuentes de ingresos. Con los años 50 y 60 se produjo una recuperación económica, aumentó la producción agraria y también aparecieron nuevas industrias.
Entre 1930 y 1960 se produjo un aumento demográfico que hizo que se pasaran de 8.741 habitantes a 11.208, esto provocó una emigración a zonas industriales como Madrid o Cataluña que provocó que en 1981 Malagón contara con tan solo 7.935 habitantes. Esta década de los 80 también supuso el abandono de la huerta de Malagón y el paso al cultivo de secano, la agricultura entra en crisis y el sector agrario sufre un descenso en la actividad. Por el contrario, el sector comercial y de servicios ha sido el más beneficiado y es el que, hoy en día, cuenta con un mayor porcentaje de población activa, por encima del sector agrario.
En los años 90, desaparece la estación de ferrocarril. Actualmente, Malagón cuenta con 7.745 habitantes.
